北京市卫生经济学会是学术型社会团体，成立于1984年，1987年重新注册。主办单位是北京市卫生健康委员会，注册资金伍万元。

本学会的业务主管单位是北京市卫生健康委员会，登记管理机关是北京市民政局，党建工作机构是中共中华医学会北京分会秘书处总支部委员会。 

学会于2012年、2016年两次接受北京市民政局社团办组织的社会组织评估，均被评为四A级。2023年再次接受评估，被评为五A级

本学会是中国卫生经济学会的团体会员。 

本学会的宗旨是：贯彻执行国家卫生工作方针政策。发挥学会专业优势，团结北京地区医疗卫生单位和卫生经济研究、管理工作者，积极开展卫生经济理论的研究，为会员单位提供专业咨询服务，为政府制定相关政策提供科学依据，促进北京地区卫生事业的改革和发展。

 本学会主要业务范围：开展卫生经济专业研究、学术交流、专业培训；咨询服务；编辑专刊。

主要开展卫生事业发展中涉及的卫生经济管理、卫生资源配置、医疗卫生机构经济运行管理等卫生经济理论的研究；为政府制定相关政策提供支持，促进北京地区卫生事业的改革和发展。

北京市卫生经济学会于2022年8月28日召开第十届会员代表大会，选举产生了第十届理事会。第十届理事会共有会员446其中：单位会员175个，个人会员271个。会员代表297个；理事会理事91人、常务理事29人；会长副会长9人；设监事会，监事3人。其中监事长1人。

本学会内设秘书处，设秘书长、副秘书长各一人。

本学会内设学术部门，包括：财经专业委员会、医疗保险专业委员会、卫生服务成本与价格专业委员会、药物经济学专业委员会、卫生技术评估专业委员会、审计专业委员会以及财经人才建设专业委员会等7个学术部门。

受北京市卫生健康委员会委托，承担京津冀鲁辽五省市卫生健康智库联盟秘书处职能，从加强医疗服务区域合作、加强区域卫生健康信息交流，深化医药卫生体制改革政策研究等方面开展工作。

经国家医保局批准，本学会被确定为医保信息直报单位。